马可斯之前为了救洛娜，不得不求助自己的前女友兼前雇主、现任毒贩头领卡门。过了一段时间安静的日子后，卡门一个电话，打破了马可斯和洛娜沉静而又幸福的夜晚。

是时候还卡门一个人情了，纵使马可斯前白般不愿意，还是只能遵守诺言，帮卡门在警察追查的路上制造事故。

劳拉来到地下变种人组织后，和一位叫韦斯的超能力者产生了感情。然而，里德却从之前在巴顿鲁日偷回来的变种人间谍资料中，发现有一个变种人的描述，跟韦斯非常相似，而且韦斯有不少犯罪前科。作为一名前执法人员，里德担心自己的女儿被欺骗了，非常焦急地想让女儿看清楚韦斯的真面目。然而自己并未确定韦斯是否就是档案中那名超能力者，劳拉再次对父亲的自以为是感到反感。

司法部来了一名官员，找到特勤局特工特纳，就利用变种人实验一事质问特勤局。然而，特纳被司法部质问时，才意识到，原来特勤局被坎贝尔教授利用了。坎贝尔教授一直在用变种人做实验，然后把他们训练成间谍，混进变种人组织中，从内部瓦解变种人组织。这种做法并未获得政府认可，但特纳脑子一转，这其实也是一种瓦解变种人组织的好方法。

坎贝尔教授似乎聊到特纳的意图，于是向他抛出了橄榄枝。

马可斯不想让洛娜多想，于是谎称自己去玛丽埃塔的联合变种人组织地拿补给品。但洛娜给新人做训练后，还未见马可斯回来，于是打电话到玛丽埃塔，却发现马可斯根本没有去。洛娜瞬间又气又怒，她发现马可斯以前给贩毒集团工作时的守护项链不见后，便知道他的去向。她找了索尼亚一起，陪自己直接找到卡门那里，逼守卫讲出卡门和马可斯的去向。但马可斯已经跟卡门出去了，两人无功而返。

司法部的官员给特勤局开了会议，斥责他们的做法，并打算终止第三方军事公司特拉斯克公司的合作。突然间，主持会议的官员七孔流血，表情痛苦，似是突然发病。特纳观察了在场的人，其中一名安保人员正看着痛苦不堪的官员，露出得意的笑容。坎贝尔训练出来的变种人已经渗入到特勤局了，这让特纳又惊喜又担忧。

地下组织中，负责破解档案的变种人把档案都破解出来了。她发现了一个奇怪的地方，就是这些间谍变种人组织都不是来自政府，而是来自一个第三方军事公司，特拉斯克。里德对这个名字十分熟悉，他的父亲在这个公司做了半辈子的工作。

在1952年的英国伦敦，有一对变种人兄妹匿藏在这里。这对兄妹利用自己的异能力，在世界各地制造了多个大型的恐怖袭击，正在东躲西藏逃避国际刑警的追捕。

里德看见特拉斯克这个公司名字后，发现自己的命运和变种人从一开始便似乎冥冥中有所关联。他的父亲在这个公司工作了35年，和自己从小聚少离多，关系不好。里德对妻子和儿女都称自己的父亲已经死了，其实不然，他的父亲奥托还活着，开着一个古董店安享晚年。

约翰终于找到克拉丽丝，向她表示了歉意，劝她回变种人组织。克拉丽丝这时虽然对约翰还有抵触，但她想回自己以前待的地方看看。那里是一对好心的夫妇经营的地方，收养了很多变种人孤儿。然而，克拉丽丝回到旧时住处时，发现这里一片狼藉，还满地血迹。约翰通过现场重现的异能，看见这里被人搜查过，克拉丽丝的养父母也丧了命。

经过一番追查，克拉丽丝还是找到了从旧处逃掉的变种人兄弟姐妹。他们被一位好心的牧师收留了，目前藏在永恒恩典教堂。就在地下组织打算去把这些同类人接回基地时，其中一位有读心术能力女孩指着一个妇女，说她的想法有点奇怪。果然，约翰他们靠近这位女性，对方便激烈反抗。大伙儿费了九牛二虎之力终于把她制服了。

回到基地后，这位女性情绪失控，到处乱撞，状态还十分奇怪，想犯了毒瘾。档案显示，她叫克洛伊，因为自己的女儿被特勤局的人伤害，在反抗时造成了破坏，于是被带走了。凯特琳想起她这种犯毒瘾的现象，跟变种人被打了“基克”后的反应一样。“基克”是一种变种人毒品，能让变种人迅速变强，但会上瘾。可想而知，特拉斯克对克洛伊做了多么可怕的事。

里德向家人坦白了一切后，便提出要亲自去找父亲谈谈，看看能不能在他口中问出些有用的情报。约翰则和里德结伴，陪他走这一趟。

再次见到父亲，里德百感交集。里德把屈藏在心中多年的委屈倾诉出来，并把自己一对变种人儿女的情况告诉了父亲奥托。奥托听到这里，突然觉得应该让儿子知道真相，于是把他带了上楼。

原来，里德的爷爷、姨婆，就是上世纪中时期，臭名昭著的变种人兄妹“芬利斯双子”——安德利亚·斯特拉克、安得利亚斯·斯特拉克。他们的能力和劳拉还有安迪的能力如出一辙。奥托本身也是变种人，但从父亲安德利亚手中逃脱了，自此之后便潜心研究克制变种人的基因X，希望减少变种人的危害。这时奥托坦言，里德本来也是变种人，但是奥托希望他能过正常人的生活，于是在他身上植入抑制基因。但那次，里德生病了，自此之后，奥托便觉得自己没有脸见儿子，于是断绝了往来。

原来父子间多年的隔阂都是因为误会，里德顿时感慨命运是多么会捉弄人。

父子相聚没过多久，坎贝尔教授便带着一队人马来到奥托的古董店外。此时，能屏蔽变种人能力的“脉冲”按照坎贝尔的命令，施展了能力，随后坎贝尔便带着搜查令，要求搜查奥托的房子。里德和约翰在二楼带着坐以待毙的心情，等着怎么去迎战，突然间，奥托不受“脉冲”的阻碍，施展了自己的能力。古董店瞬间产生了毁灭性的爆炸，坎贝尔也受了伤离去。

大伙儿合力制服了克洛伊后，总算能在她垂死之际，让读心女孩把特拉斯克对她做的行为读了出来。特拉斯克公司对变种人做的的各种非人手段，实在让人毛骨悚然。

二十多年没有见面，再见竟是永别，父亲就在自己的眼前死去，里德一直久久不能释怀。他回到基地，把事情告诉了家人。妻子凯特琳听见里德说起自己的家族史，还有他的爷爷、姑奶奶的超能力和自己一对儿女的超能力一模一样后，不禁担心起来。更让凯特琳感到困惑的是，为什么里德没有遗传到超能力。里德思量了一下，决定把真相告诉凯特琳。

里德本身也是超能力者，只是他父亲有意不让他认为自己拥有超能力。而且奥托为了阻止自己家族中的X基因，他穷尽一生研究X抑制因子，并在里德身上获得了成功。凯特琳知道真相后，似是责怪里德一直不把真相告诉她。凯特琳认为一家人不应该对彼此有所隐瞒，她决定把他们祖爷爷和祖姑奶奶的能力真相告诉安迪和劳拉。

在父母的监护下，安迪和劳拉尝试拉手，重现他们祖先的能力。结果让安迪和劳拉大为震惊，他们两人的能力，一个聚合，一个分离，两人的能力结合，足以造成极端的毁坏。安迪和劳拉既开心又害怕，他们从未感受过如此强大的力量，但又很怕会伤害别人。

读心术女孩埃斯梅被安置在变种人基地，但她似乎另有所图。她恳求基地的变种人能联合起来，帮她救走还被困在特拉斯克的其他变种人。起初洛娜和索尼娅都很抗拒这个提议，但埃斯梅似乎操控了洛娜的梦境，让洛娜看见，假如现在不出手，后果将会是变种人们被军队控制，她和马可斯的孩子将会有危险。

最后，变种人组织决定接受埃斯梅的提议，开始部署特拉斯克的变种人营救计划。劳拉和安迪的能力非同寻常，在同伴们的劝说底下，凯特琳和里德同意让一双儿女参与这次行动。

他们看准时机，先是克拉丽丝帮忙制造空间缺口，把安迪、劳拉和索尼娅和自己送进监狱，然后找机会弄坏电力安保设备，约翰、洛娜等人则在特拉斯克外围准备撤离的工作。

然而，特纳很快便察觉到他们的闯入，随即带着武装部队和哨兵机器人去追赶几位闯入者。克拉丽丝和索尼娅先后被抓住了，安迪和劳拉只好落荒而逃。凯特琳和里德透过监控录像看见儿女被一群携带杀伤力武器的人追着，心里别提多担心了。

姐弟两被追至穷途末路，这时，两人还剩最后一个自救方法——重现祖先“芬利斯双子”的超能力。安迪和劳拉手拉手，开始施展彼此的能力。就在两人看见了建筑分崩离析的景象时，安迪突然松开了手。他不希望这栋大厦的人会因为他俩的能力而死亡。特纳带着武装部队赶到了，把两人团团围住。