李一婵出院，林洁玉亲自送她到车站，此时何玉山也带着项怀瑾赶到车站，两人都非常吃惊，竟然能在马兰看到彼此，但是，多年的默契迅速让两人明白各自所承担的任务，阔别多年的夫妻俩紧紧拥抱在一起。

援朝找到建国，告诉他自己的爸爸，汽车团的司机小马在大河沿无人区找到了他弟弟建军的鞋子，上面还压着块石头。与此同时，小马也将这个消息告诉了何玉山。他们分析，这一定是人为所谓，不然的话石头不可能恰巧压在鞋子上。正当他们分析着建军的下落，建国跑了进来，拽着爸爸让他立刻去找弟弟。何玉山把建国拽到外面，教训了他两句，但还是答应他有时间一定去找建军。

何玉山向司令员请了几天的假，小马开车拉着他来到大河沿，想寻找建军的蛛丝马迹，但何玉山认为，即使建军真的被周边的牧民救下了，牧民放牧居无定所，也很难发现他们的踪迹，两个人只能抱着试试看的心理，分头寻找线索。小马在搜寻中发现了羊粪，确定这之前有人来这里放牧，但两个人直到天黑前也没发现一个人影，接下去的两天也是这个结果，何玉山只能返回，临行前，他把建军曾经玩过的拨浪鼓压在了石头下面，希望救下建军的牧民会发现带给他们新的消息。

林儒丫来到基地一年多，一直都没怀孕，她找到林玉洁，询问自己如何才能要一个孩子，林玉洁建议她和徐远征抽空来医院检查。回去后，林儒丫让徐远征去医院检查，但徐远征觉得自己根本不可能有任何问题，觉得受到了侮辱，大半夜跑出了家门在营地里生闷气。

小欢的爸爸李指导员找到林儒丫，说自己的老婆因为不能来新疆而要改嫁，让同时女人的林儒丫出出主意，男儿有泪不轻弹，看着自己的儿子，李指导员不禁流了眼泪。恰巧徐远征回到家，看到老李掉眼泪，竟然笑话起他来，老李很尴尬，带着小欢逃出了徐远征的家。林儒丫对徐远征有气，就故意气他说如果不是因为他当初的那封信，自己也很可能改嫁了，听到这句话，徐远征震惊不已。

自从妻子说当初险改嫁的事儿，徐远征开始疑神疑鬼，他找到林玉洁问起林儒丫不怀孕的原因，是否和其他男人有关，当即被林玉洁轰出了医院，气不过的他又给岳母写信，但就是这封信里，徐远征不小心将国家秘密研制原子弹的事透露了出去。保密部门没有将这封信发出去，徐远征也因为涉嫌泄露国家机密被停止，张司令找到徐远征，告诉他很可能面临着被撵出罗布泊的处罚，自己也无能为力。何玉山找司令员求情，请求司令员让徐远征戴罪立功。

张司令对何玉山说这件事情他们两个表态是没有用的，但话里话外还是想对徐远征网开一面。徐远征知道老何为他求情，半夜到他的门口喊老何，说自己欠了他一个人情，将来如果老何有需要，可以随时叫他还人情。睡眼惺忪的何玉山起床出门来见徐远征，但这时徐远征已经离开了。

调查组让徐远征将事情的来龙去脉再说一遍，徐远征承认是自己太委屈，因为给岳母写了那封信，让岳母知道自己干的事业有多么重要。何玉山又找到张司令打听对徐远征的处理意见，张司令传达了基地党委对徐远征的处理决定，记大过一次，但保留他的院长职务，继续留在基地工作。徐远征又投入了到工兵团忙碌的工作当中，他让警卫员再次给何玉山带话，人情他一定还上。

丽萨被接到了马兰，见到了一年多没见的建国，还有许多新的小伙伴。建国带丽萨看了戈壁滩上很多新奇的东西，还和林玉洁见了面。丽萨问起为什么不见建军，建国告诉丽萨，建军被大风刮丢了，但他相信，建军终有一天会回来，只是需要很长时间罢了。

戈壁滩的环境恶劣，马兰小学的环境也很简陋，丽萨很快失去了对戈壁滩的新鲜感，到处都让从小娇惯的她不适应。教室天花板炙热的阳光，饮用水里的小虫子，又脏又丑的厕所，都让丽萨抓狂。但幸好有小伙伴们陪着她，几个月后，丽萨渐渐适应了基地的生活。学校放假，爸爸交给他一项任务，那就是用电灯泡的温度，模拟母鸡孵小鸡时的温度，用科学的方法让鸡蛋孵出小鸡来。二十多天后，小鸡果真破壳而出，丽萨把同学们都召到了家，一起观看自己孵出来的小鸡。

工兵团的战士们集体患病拉肚子，徐远征也不例外，因此工兵团的任务耽搁了，这也让科研所里的项怀瑾夫妇有了难得的假期，可以回家陪丽萨。何玉山眼睛看不清，来找林洁玉看病，林洁玉说他这是患上了夜盲症，原因就是营养不良。

张司令来到医院，询问工兵团大大范围腹泻的原因，林洁玉认为战士们是因为喝了附近富含镁元素的孔雀河河水才发生的腹泻，基地的止泻药根本不够用，只能用土办法——吃大蒜。张司令把采购大蒜的任务交给何玉山，何玉山连夜带着战士们乘车去外面找大蒜。

何玉山去了很多地方，都没有找到大蒜，只能去找当地驻军想办法。到了驻军某师部，何玉山一眼就认出这个师的师长是当年的老战友老吴。何玉山请求老战友帮忙给两车大蒜，但却又不能说大蒜要运往哪里，这让吴师长犯了难，大蒜属于军用物资，如果上级问起来大蒜给了哪里，他所说不出来，是要担责任的。但何玉山却告诉他，他现在所做的事虽然是最高机密，但确是为了老百姓过上和平的生活，吴师长终于答应将两车大蒜交给何玉山。

随着基地出具规模，基地的各项条件也有所改善。为了治疗战士们长期缺乏蔬菜造成的营养不良和夜盲症，上级调配了大量维生素药品。而基地自身也养了几头奶牛，专门供应给长身体的孩子们补充营养。负责分配牛奶的是一位叫做李珊珊的未婚姑娘，但大家都习惯叫她“李奶奶”。

李奶奶偶然结识了基地电影放映队的李开炮，两个人经过撮合最终结了伴侣，这也是基地成立以来的成就的第一对新人。基地的同事们为二人举办了朴素但隆重的婚礼，由张司令员亲自主持，就连总部首长都给两位新人发来了贺电。

军队战士们好多从参加完抗美援朝就直接来到马兰，多年未回家，很多人吵着求情、请假，因此张司令颁布了命令，不准再有人向他求假。但和玉城还是为自己的警卫员杨振禄请假，杨振禄的两个哥哥都在战场上牺牲了，可谓一门忠烈。张司令破例准了他一个月的假，但当何玉山把买好的火车票交给他时，他却将火车票死得粉碎，他说他不能搞特殊，只有所有战士都能回家了，他才能回家，这让何玉山非常生气，但张司令听了却非常感动，让何玉山对杨振禄通报嘉奖。

基地医院护士急缺，张司令让何玉山去回去召几个女兵来，经过医护培训，充实到基地医院当护士。何玉山来到了天津某军队医院，一进医院的门就看到墙上挂着一位叫曾倩倩的女护士多次受到嘉奖，能力十分突出，便和医院政委点名要曾倩倩。曾倩倩很早就励志想去战场救死扶伤，因此是非愿意去马兰。何玉山带着曾倩倩和其他几位同期招收的女兵回到马兰，沿途的颠簸让这些女孩子都晕了车，狂吐不止。

新来的女护士们受到了基地的热烈欢迎。但入夜大家准备休息的时候，其中一位女护士便忍不住埋怨这个鬼地方条件太苦，连洗漱的水都没有。其中一位女护士看不惯她娇生惯养，责怪了她几句。曾倩倩好心将自己仅有的一点水给了那位女兵。