恐龙岛发生危机
在2015年侏罗纪公园发生大灾难的三年后，纳布拉尔岛再次成为世界媒体和舆论的焦点。三年里，岛上的恐龙自给自足，与人类文明世界相安无事。最近该岛长期休眠的火山被重新归为活跃，且有大规模喷发的迹象，地质学家预测将会发生灭绝事件。关于是否要保护生活在纳布拉尔岛上的恐龙，引发了全球媒体大讨论。美国国会为此召开听证会，听取各方述求。
三年前大混乱让很多人心有余悸，不采取任何预防措施，任由恐龙自生自灭的观点逐渐占了上风。很多动物保护组织不希望恐龙灭绝事件再次上演，其中就包括了原侏罗纪主题公园的运营主管克莱尔。身为恐龙保护组织的负责人，克莱尔极力游说议员。虽取得了一些成果，但大势所趋，国会最终决定将恐龙的命运交予上帝裁决。
国会的决议无异于宣判那些存活在小岛上的史前生物死刑。就在克莱尔失望之际，接到了一通电话，对方自称米尔斯，是本杰明·洛克伍德遗产管理人。本杰明·洛克伍德是“侏罗纪公园”的两位创始人之一，听到这个名字，克莱尔心中又燃起了一丝希望之火。
按照米尔斯所说的地址，克莱尔应邀来到了位于加州的洛克伍德庄园。一座上百年历史的古城堡耸立在树林掩映之间，克莱尔刚下车就被其气势所折服。就是在这里，约翰和本杰明共同从琥珀中提取出恐龙基因，让灭绝的生物重现世间，开辟了生物学新篇章。纳布拉尔岛、侏罗纪公园，所有的一切都是起始于城堡下的实验室。
步入大堂，墙壁上众多人物油画中，她一眼就认出另一位创始人约翰·哈蒙德的画像。克莱尔心生崇敬之情，正欣赏着，身后传来米尔斯的声音。七、八年前克莱尔和米尔斯有过一面之缘，当时米尔斯刚刚大学毕业，就负责经营本杰明·洛克伍德的基金。二人边说边穿过大堂里摆放的恐龙化石标本，走向展示台。展示台上是一座环形岛屿的模型，那是米尔斯为纳布拉尔岛恐龙们找到的庇护所。四周有山脉形成天然屏障，其间水草丰美足够恐龙在此繁衍生息。
年逾九十的本杰明坐着轮椅来到克莱尔面前，寻找这个庇护所是他和约翰生前的最后愿望，让那些史前恐龙能自由、不受人类打扰的继续生存于地球上。这个老人的内心始终充满了愧疚，当年意气风发的他们使用了基因技术，就如同还未学会走路就想着跑步的小孩。当意识到危险时，已为时太晚。这座庇护所建立，只能算是本杰明赎罪道路上的一站。
邀请欧文
明白了本杰明的心意后，克莱尔全力以赴要为老人实现愿望。小岛上的每只恐龙都有可用于追踪的ID晶片，如果能利用这点，米尔斯组织的抓捕小队就可以更快速的捕获恐龙，在火山爆发前将它们运往庇护所。但三年前的混乱让岛上的控制中心停止了工作，需要克莱尔的掌纹重新登陆，激活追踪系统。在这些恐龙里，米尔斯更关心的是一只蓝色的迅猛龙。它有着仅次于人类的智慧，是世界上独一无二的恐龙。
克莱尔知道米尔斯所说的迅猛龙是指“小蓝”，小蓝能在一英里外就察觉到捕猎者的气味，让捕猎者永远找不到抓住它的机会。要想安全转移小蓝，就必须得到一个人的帮助，退伍军人欧文。欧文曾在“侏罗纪公园”以军方训练海豚的方法训练过迅猛龙，在那段时间里与小蓝建立起能够相互交流的方式。要想找到小蓝，非他莫属。克莱尔马不停蹄的赶到西雅图，找到正在雷尼尔雪山脚下，过着悠闲生活的欧文。两人之间一段短暂的感情史，欧文至今耿耿于怀。而且米尔斯已经联系过欧文，被欧文回绝。既然话不投机，克莱尔也不勉强。感情的事就是这样，心里越记恨，实际上越放不下。晚上，欧文独自坐在电脑前，看着训练小蓝时的录影资料，想着与克莱尔一起从暴虐霸王龙利爪下死里逃生的经历，心中改变了主意。
清晨时分，克莱尔来到机场，要搭乘轻型飞机前往纳布拉尔岛。坐上飞机，她不由自主的透过舷窗望向机场外，巴望着能在最后时刻看到欧文的身影。这时，欧文伸了个懒腰，从机舱最后排座位上坐了起来。克莱尔又惊又喜，脸上却装出毫不在乎的表情，简单的介绍了同行的系统分析师富兰克林和古生物兽医琪雅。
飞机在朝阳的照耀下起飞，经过几小时的海上飞行，终于平稳的降落在纳布拉尔岛简易跑道上。故地重游，克莱尔和欧文的心里没有多少激动，更多的是紧张。前来迎接他们的是绰号“白人猎手”的肯·惠利特，他带领着百来号人的远征队，已在岛上工作了几个月，进展并不理想。
众人分乘几辆装甲车进入园地，远处的火山冒出滚滚浓烟，发出隆隆巨响。当车队抵达破败的接待中心时，一只巨大的腕龙正在啃食着树顶的枝叶。同样是第一次见到恐龙的琪雅和富兰克林态度迥异，琪雅迫不及待的冲出装甲车，亲眼看看这个大家伙。富兰克林则躲在众人身后，连大气都不敢喘。
寻找小蓝
到达了本次行程的目的地控制中心，富兰克林接通门禁系统，打开通往地下室的大门。大地在微微颤动，必须加快速度。一行人进入地下控制室，富兰克林重启系统，克莱尔登入后，大屏幕上立刻显示出每只恐龙所在的方位。除了一部分被抓的恐龙集中在东码头，更多的散发在小岛的各个地方。
欧文最关心的还是小蓝，通过定位得知小蓝就在火山口附近。琪雅可不想错过一探恐龙世界的机会，执意前往。见说服不了琪雅，肯只得指挥手下保护欧文和琪雅进入森林地区。已完成任务的克莱尔和富兰克林留在控制室，监视小蓝的动向。
距离小蓝还有一英里，欧文便离开车队徒步前进，留下其他人等待消息。找到小蓝的刚开始，小蓝似乎已经忘记了欧文，对他投过来的培根完全没有兴趣。慢慢的，小蓝从进攻状态中平静下来。还没等欧文采取进一步行动，本应等待信号的肯却率领着小队包抄而来，发射了两枚麻醉弹。小蓝凶性大发，撕咬起武装人员。慌乱中有人开枪，小蓝哀嚎一声轰然倒地。这显然不是欧文的计划，当欧文愤怒的冲向肯时，被麻醉弹击中，摇摇晃晃倒在了地上。琪雅急忙扑上去，拔下麻醉弹，怒斥肯的行为。
肯凶像毕露，他只要能抓到小蓝就行，其他人的伤亡不在他的考虑范围内。琪雅也在灭口之列，但小蓝在麻药的作用下昏迷不醒，伤口又在不停流血，肯需要她保证小蓝平安无事。于是，肯命人将小蓝装上车，带着琪雅向东码头驶去，丢下没有知觉的欧文躺在火山脚下的泥水里。
火山开始喷发，大地剧烈震动，控制室的水泥墙出现开裂，进出通道的大门自动关闭。富兰克林想方设法重设门禁，打开大门，可屏幕上却显示有只恐龙进入了通道内。是只重爪龙，那对捕食鱼类的长爪足以抓断人的筋骨。哪知祸不单行，墙壁裂缝延伸到了头顶，岩浆从缝隙中流入控制室，就像一道燃烧的水帘。还好这道水帘挡在了二人与重爪龙之间，克莱尔急中生智，爬进竖井打开紧急出口阀门。
逃过了重爪龙的利爪，克莱尔和富兰克林随即要面对更大的麻烦，岩浆如火海般从火山口涌出，喷发出万吨的火山灰遮天蔽日，还有燃烧的岩石从天而降。远处山坡上传来欧文的呼喊声，原来就在刚才眼看着岩浆流到他面前，求生的强烈欲望让他支撑着麻木的身体狂奔回来。如果不是琪雅拔出了麻醉弹，只怕他已在昏睡中被烧成灰烬。
欧文的身后就是铺天盖地的火山灰，还有同样在逃命的恐龙。不用欧文出声，克莱尔和富兰克林拔腿就跑，向着山坡下奔去。此时再凶猛的恐龙也惧怕大自然爆发出来的威力，顾不上眼前的三个人，只顾着向前奔跑，不要被火山灰吞噬。
逃离海岛
一只被遗弃的陀螺球就在前面，这种被设计成球体的双人观赏车用来躲避火山灰再好不过。克莱尔和富兰克林一头钻进去，欧文刚想挤进去占个地方，就透过陀螺球的玻璃罩看到一只食肉牛龙冲了过来。对肉的贪婪居然让它无视即将到来的危险，盯着欧文不放。很快，另一只体型更大的三角龙引开了食肉牛龙的注意。两只恐龙相互攻击，将陀螺球弹到了一边。欧文再想进去，这才发现陀螺球的舱门已自动关闭。
一只霸王龙终结了食肉牛龙和三角龙的搏杀，可霸王龙对战利品没有兴趣，丢下两具尸体向山下奔去。火山彻底喷发，火球似雨点砸下。陀螺球在前面行驶，欧文紧跟其后。各种恐龙从他们身边狂奔而过，无睱顾及其他。
时不时有恐龙被从天而降的火球砸中，让克莱尔不由得加快了速度。等看到前方悬崖，已来不及停下，笔直坠入海中。刚才还能提供保护的陀螺球，现在却成了棺材。水很快就从缝隙中渗了进来，克莱尔和富兰克林拼命拍打玻璃罩却无济于事，陀螺球慢慢坠入漆黑的海底。
跟着跳下悬崖的欧文看到了被困的克莱尔。他游向陀螺球，掏出手枪连开两枪。可玻璃没有碎裂，反而多出两个漏水点，加速下沉速度。眼见着海水注满了整个陀螺球，欧文灵机一动。他游回海面换了口气，然后潜入水中，从后腰刀鞘中拔出军刀插入陀螺球舱门密封条中。内外压力一致，没费多大功夫就撬开了舱门。克莱尔和富兰克林急急忙忙游出海面，深深呼吸了一口混着火山灰的空气，发青的脸总算有了些血色。
三个人筋疲力尽的躺在海岸上，好一会才恢复点精神。克莱尔此时才知道，挽救恐龙根本是个骗局，米尔斯的目标就是小蓝。但富兰克林的平板电脑已浸了水，再想追踪小蓝和琪雅已不可能。这时，一架奇努克直升机冲破满天火山灰飞向远处码头上的大型渡船，直升机下的铁笼里还关着一只发出怒吼的霸王龙。更多的直升机从天空掠过，一定是肯的远征队准备撤离。三人立刻起身，向码头方向跑去。
肯在码头上指挥着远征队将抓到的恐龙运上渡船，在火山灰到达前，尽快离开码头。欧文、克莱尔和富兰克林躲在码头外，远远看到渡船里一排排摆放着结实的牢笼，关着不同的恐龙。牢笼不够，连货车都成了临时监狱。既然肯早就捕捉了那么多恐龙，却还要欧文提供支援，更让欧文确信这是场骗局，肯或者说是米尔斯为得到小蓝不择手段。可他们的目的是什么，欧文和克莱尔就猜不出来了。
远远看到肯硬生生从一只剑龙嘴里拔下一颗牙齿，让克莱尔着实心痛。再观察了一会，就看到仍处于昏迷之中的小蓝和嘴里不停怒骂着的琪雅被押上了船。火山灰和熔岩越来越近，远征队丢下辎重，急忙上船。趁着混乱，三人跑出藏身处跳上一辆卡车向码头疾驶。渡船正在驶离码头，开车的克莱尔不及细想，紧踩油门冲进了渡船的卸货舱。
惊魂未定的远征军没人发现这辆最后上船的卡车，他们都注视着远处如同炼狱的海岛。那些无处可去的恐龙在码头上、海岸边悲鸣，似乎知道即将到来的命运。它们的声音在浓雾般的火山灰中越来越轻，高大的身影消失在了阵阵火光之中。
米尔斯的计划
运载着恐龙的渡船安全离开了纳布拉尔岛，让米尔斯长舒了一口气。他处心积虑要得到小蓝，是有他不可告人的目的。米尔斯从大学毕业后就管理着洛克伍德家族的基金，三年前那场祸事让基金会不得不支付巨额赔偿以平息受害民众的集体诉讼。为了挽回损失，他绞尽脑汁。在看到暴虐霸王龙的威力和欧文训练小蓝的视频后，他有了灵感.......
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